Ngay từ năm 1385, tại nơi đây đã có một lâu đài nhỏ được gọi là Neuveste, là nơi trú ẩn của hoàng gia Bayern khi Cung điện Cũ (Alter Hof) đã không còn được an toàn trong cuộc nổi dậy của người dân München. Lâu đài này có hào nước bao bọc chung quanh, duy nhất chỉ có một chiếc cầu nối liền dinh thự với thành phố. Dưới thời Công tước Wilhelm IV của Bayern (1493 - 1550) lâu đài mới thay thế cho Cung điện Cũ trở thành nơi ngự trị của các công tước Bayern. Cho đến ngày nay vẫn còn lại di tích của lâu đài này trong cung điện. Vị trí của các di tích này được đánh dấu bằng đá lát màu đỏ trong sân.

Công tước Wilhelm IV cho mở rộng Neuveste và kiến tạo vườn hoa sân trong đầu tiên. Công tước Albrecht V (1528 - 1579) cho xây thêm một đại sảnh dùng cho lễ hội và một "phòng nghệ thuật". Rất nhiều bộ sưu tập của München có nguồn gốc từ "Phòng Nghệ thuật" này. Do phòng này không đủ chỗ chứa bộ sưu tập tượng thời Cổ đại của ông nên sau đó Simon Zwitzel và Jacopo Strada đã xây thêm căn đại sảnh có tên là Antiquarium. Với chiều dài 69 m công trình kiến trúc này là căn đại sảnh theo phong cách Phục Hưng lớn nhất ở phía bắc của dãy núi Apls.

Được kiến tạo dưới thời Công tước và Tuyển hầu Maximilian I (1573 – 1651) là cung điện mang tên ông: Cung điện Maximilian. Mãi cho đến thế kỷ 19, mặt ngoài vẫn còn bảo tồn được cho đến ngày nay của cung điện là mặt ngoài duy nhất của khu cung điện có thể nhìn thấy được từ bên ngoài.

Giữa 1611 và 1619 Cung Hoàng đế (Kaiserhof) được xây về phía bắc dùng làm nơi cư ngụ cho khách của hoàng gia, đánh dấu ý định vươn cao về mặt chính trị của Maximilian. Phong cách trang trí không những minh họa cho thế giới quan của Maximilian I mà với các khung cửa, bích họa trên trần và thảm treo tường lộng lẫy còn là thí dụ điển hình cho kiến trúc đầu thế kỷ 17.

Trong khoảng từ 1825 đến 1842, dưới thời Vua Ludwig I của Bayern, Cung điện München đạt đến bề thế như ngày hôm nay với Dinh Vua theo phong cách kiến trúc Cổ điển mà gương mẫu là Dinh Pitti (Palazzo Pitti) tại thành phố Firenze (Ý) và với Dinh Lễ hội cũng theo phong cách kiến trúc Phục Hưng Ý.

Chiến tranh thế giới thứ hai đã phá hủy nặng nề cung điện: trong tổng số diện tích mái nhà là 23.500 m² chỉ còn có 50 m² là nguyên vẹn)[1]; phần lớn được tái tạo trong những thập niên sau chiến tranh. Mãi cho đến ngày nay Cung điện vẫn còn được sửa chữa và tu bổ. Nhà hát Cuvilliés hiện đang được phục hồi cho đến năm 2008.